Problematika/ hambatan dalam menghafal al Qur'an di rumah tahfidz al-Mustofa an-Nur Desa Kuwayuhan Pejagoan meliputi (1) mudahnya ayat yang dihafal hilang dari ingatan karena adanya kesan yang lemah, jawang ditakrir/ diulang, adanya percampuran hafalan yang lama dengan hafalan yang baru, tekanan masalah, dan maksiat, (2) Gangguan lingkungan, (3) Banyaknya ayat-ayat yang serupa tetapi tidak sama.