Pada masa-masa berikutnya, lembaga pesantren berkembang terus dalam segi jumlah sistem dan materi yang diajarkan. Bahkan pada tahun 1910 beberapa pesantren seperti pesantren Jombang mulai membuka pondok khusus untuk santri-santri wanita kemudian pada tahun 1920-an pesantren-pesantren sdi Jawa Timur seperti pesantren Tebu Ireng (Jombang), pesantren Singosari (Malang) mulai mengerjakan pelajaran umum, seperti bahasa Indonesia, bahasa Belanda, berhitung ilmu-ilmu bumi dan sejarah.