Banyak penulis sejarah pesantren berpendapat bahwa institusi ini hasil adopsi sari model perguruan yang diselenggarakan orang-orang Hindu dan budha. Sebagaimana diketahui sewaktu Islam masuk dan berkembang di Pulau Jawa telah ada lembaga perguruan hindu dn Budha yang menggunakan sistem biara dan asrama sebagai tempat para Biara dan biksu melakukan kegiatan pembelajaran kepada para pengikutnya.