Di dalam pembelajaran baca tulis al Qur'an terdapat berbagai permasalahan non linguistik yang juga menjadi kendala dalam belajar bahasa Arab adalah meliputi ekologi sosial dan faktor psikologi dari subjek yang mempelajari bahasa, seperti: keadaan siswa itu sendiri, situasi keluarga, lingkungan dan masyarakat, tempat kerja dan sekolah, juga orang-orang yang berkaitan dalam kegiatan tersebut seperti metode mengajar yang dipakai guru tersebut.