Dalam peleksanaan pembelajaran kitab Tuhfatul Atfal masih banyak mengalami kendala, diantaranya adalah metode yang digunakan guru dalam pembelajaran monoton hanya menggunakan metode sorogan dan bandongan, media pembelajaran hanya kitab dan papan tulis, selain itu masih banyak peserta didik yang kurang lancar membaca dan menulis huruf Arab, serta terbatasnya waktu mengajar yang menuntut guru agar lebih sabar dalam mengajar para anak didiknya.