Pesantren pada umumnya bergerak dalam pendidikan Islam, peran ini merupakan ciri utama yang mewarnai sejarah pesantren di Indonesia. Kaum muslimin Indonesia mengirim anak-anaknya ke pesantren untuk belajar agama Islam dengan harapan mereka tumbuh menjadi muslim yang baik, yang melaksanakan ajaran agama Islam secara konsisten dalam kehidupan sehari-hari, lebih jauh tidak sedikit orang tua yang mengharapkan anaknya menajdi pemimpin agama (kyai atau ulama) yang selanjutnya bisa mendirikan pesantren di wilayah asal mereka masing-masing.