Pesantren jika dibandingkan dengan lembaga pendidikan yang pernah muncul di Indonesia, merupakan sistem pendidikan tertua. Jauh sebelum masa kemerdekaan, pesantren telah menjadi sistem pendidikan nusantara. Hampir diseluruh pelosok nusantara, khususnya di pusat-pusat kerajaan Islam telah terdapat lembaga pendidikan yang kurang lebih serupa walaupun menggunkan nama yang berbeda-beda, seperti meunasah di Aceh, surau di Minangkabau dan pesantren di Jawa.