SMP PIUS Bakti Utama Kebumen sebagai lembaga pendidikan formal ikut berperan aktif dan bertanggung jawab dalam mewujudkan tujuan pendidikan nasional, sehingga salah satu mata pelajaran yang wajib diajarkan di sekolah adalah pendidikan agama. Dalam rangka merespon UU Sisdiknas No. 20 tahun 2003, pihak lembaga menyediakan tenaga pendidik mata pelajaran agama sesuai dengan agama yang dianut oleh peserta didik.