Otonomi pendidikan di Madrasah dikenal dengan istilah Manajemen Berbasis Sekolah merupakan konsep pemberdayaan sekolah dalam rangka peningkatan mutu dan kemandiiran sekolah. Dengan MBS diharapkan para kepala sekolah, guru-guru dan personal anggota lainnya di sekolah serta masyarakat setempat dapat melaksanakan pendidikan sesui dengan kebutuhan perkembangan zaman, karakteristik lingkungan dan tuntutan global.