Di masa sekarang ini pesnatren selain sebagai pusat pendidikan juga mempunyai fungsi sosial yaitu sebagai pusat rehabilitasi dan pusat konseling dalam upaya untuk memberikan penyelesaian bagi problem-problem yang dihadapi masyarakat. Di sisi lain pesantren lebih dikenal sebagai lembaga pendidikan keagamaan tradisional yang lambat beradaptasi dengan perkembangan, bahkan belakangan ini dikait-kaitkan dengan is terorisme dan radikalisme beragama lainnya. Tradisi pesantren merupakan kerangka sistem pendidikan Islam tradisional di Jawa dan Madura, yang dalam perjalanan sejarahnya telah menajdi obyek penelitian para sarjana yang mempelajari Islam di Indonesia.