Pelaksanaan keagamaan siswa Full Day School MTs Negeri 1 Kebumen meliputi pelaksanaan kegiatan keagamaan setiap hari yakni: shalat wajib lima waktu, shalat dhuha secara terjadwal, tahfidzul quran juz amma, muroja'ah juz amma, mumarosah al-ijtima'iyah. Siswa dalam melakukan kegiatan keagamaan dipantau menggunakan buku pemantau ibdah dan belaja. Peningkatan keagamaan siswa full day school yakni melalui pembiasaan menjalankan kegiatan keagamaan, berakhlak terpuji, pendalaman materi PAI, mentaati segala aturan madrasah dan pendalaman pada materi mumarosah al-ijtima'iyah.