Dampak pembelajaran tersebut terhadap toleransi beragama siswa di SMA Negeri Kutowinangun, terlihat dari sikap saling menghargai, saling menghormati, tidak mendoktrin dan mengklaim atas dasar keyakinan agama,dan tumbuhnya rasa empati serta gotong royong pada kalangan siswa, oleh karena itu SMA Negeri Kutowinangun patut disebut sebagai komunitas multikultural yang mampu mengelola keragaman sehingga sekolah yang bersangkutan hidup dengan keragaman itu sendiri dengan baik.