Pengembangan materi PAI di SMK Ma'arif 01 Kebumen dilaksanakan diwala pelajaran dan diluar jam pelajaran setelah waktu masa aktif pelajaran selesai. Pengembangan materi melalui teori dan praktik atau cara kegiatan extra kurikuler serta utuk kelas X mulai tahun pelajaran 2013/ 2014 ini dengan kegiatan pondok pesantren di pondok An-Nahdliyah yang setiap satu semester enam minggu pelaksanaan dengan cara bergilir. Lokasi pondok pesantren tersebut berada satu lokasi dengan gedung sekolah di jalan Kusuma No. 73 Kebumen.