Konsep dibuat di MTs Padureso adalah konsep pesantren madrasah. yakni dengan membiasakan kegiatan keagamaan berupa istighosah, membaca surat-surat pilihan, asma'ul husna, shalat dhuha dan kegiatan keagamaan lainnya, serta penekanan karakter harian yang tidak hanya berlaku bagi peserta idik tapi juga pendidik dan tenaga kependidikan yang dirangkum dalam kegiatan harian, bulanan dan tahunan, dengan harapan akan menjadi sebuah pembiasaan meskipun peserta didik dan pendidik serta tenaga kependidikan sudah tidak berada di lembaga pendidikan tersebut.