Pembelajaran menggunakan kurikulum yang dirancang oleh pondok pesantren SMK Ma'arif 1 Kebumen dengan alokasi waktu yang telah ditentukan. Pembelajaran menggunakan metode sorogan, bandongan, hafalan, halaqah, demonstrasi, presentasi, dan klasikal individu khusus pembelajaran Al-Qur'an. Pembelajaran juga dilengkapi dengan media yang berfungsi sebagai penyalur materi.