Pendidikan yang diajarkan pada pondok pesantren Darul Yatama Kebumen adlah pendidikan Mu'ammalat keseharian dan 'Ubudiyah dengan metode klasikal yaitu bandungan, sorogan dan diskusi model santri salaf. Pendidikan enterpreneurship santri disesuaikan dengan bakat dan minat yang dimiliki oleh setiap santri yang nyantri di Pondok Pesantren Darul Yatama Kebumen dengan pembelajaran praktik langsung ke dalam dunia kewirausahaan.