Pada masa-masa berikutnya, lembaga pesantren berkembang terus dalam segi jumlah sistem dan materi yang diajarkan. Bahkan pada tahun 1910 beberapa pesantren seperti pesantren Jombang mulai membuka pondok khusus untuk santri-santri wanita kemudian pada tahun 1920-an pesantren-pesantren sdi Jawa Timur seperti pesantren Tebu Ireng (Jombang), pesantren Singosari (Malang) mulai mengerjakan pelajaran …
Pada posisi lain kehidupan di pesantren ini memang dilandasi oleh kata-kata berkah, ikhlas, dan ibadah yang berarti seluruh anggota pesantren memandang seluruh aktivitas kehidupan atau pendidikan sebagai ibadah kepada Allah SWT. Oleh karena itu hal tersebut harus dilakukannya dengan penuh keikhlasan dan dalam rangka memperoleh berkah kiyai.